为提升机场航空安全，福州马祖南竿机场计划在跑道端建设特性材料阻拦系统（EMAS）。这项提议其实在几年前就提上了日程，但最终结果不是流标就是废标。而最近发生的韩国济州航空空难事故也让当地再次重视起机场跑道的安全设施，目前的最新消息是今年2月开始重新针对这个项目招标，工程预计花费约合人民币8455万元。
特性材料阻拦系统（EMAS）是一种以特性材料为主体，设置在跑道端外，对冲出跑道端的飞机实施拦阻，使飞机减速或停止的系统。福州马祖南竿机场跑道全长1580米，东、南、北三面临东海，且与海平面落差约70米，航班起降被外界形容像在航空母舰起降，因此，航空公司被要求必须由两名机长执飞马祖航线。由于机场地势较高，周边也存在天然障碍物，加之近年来航空公司时常反映风切问题影响航班降落稳定性及安全性，因此当地认为EMAS能有效解决跑道端安全区不足的问题。