9月19日起，广州地铁集团广东城际运营公司（下称广东城际）所辖城际线路将启用新版运行图。新版运行图继续沿用“站站停+大站快车+特快列车”的公交化开行模式，以及“4+8”编组列车混跑模式。在交路设置上，单条城际铁路以开行站站停列车为主，而跨线城际则主要开行大站快车、特快列车。
新版运行图实施后，广东城际线网每日将固定开行列车327列次。其中，穗深城际“竹料-深圳机场”站站停列车将由目前的34列次增加至41列次；“白云机场北-深圳机场”大站快车将由目前的4列次增加至13列次。此外，钟落潭东、佛塱站每日停靠列车增至12列次。
票价优惠方面，广肇、广州东环城际铁路9月18日至23日执行7.5折票价优惠，9月24日至10月11日执行9折优惠，10月12日起恢复工作日每周一至周四执行7.5折票价优惠，每周五至周日执行9折优惠。