目前，皇岗口岸新联检大楼已通过验收，港深双方已完成一系列系统测试、试运行及应急演练，确认皇岗口岸已具备开通条件。经粤港两地政府协商，皇岗口岸定于2026年10月12日上午6时30分正式开通运行，为旅客和客运车辆提供24小时通关服务，同时暂停往来深圳皇岗口岸临时旅检楼和香港落马洲管制站的旅检服务。
重建后的皇岗口岸通关能力大幅提升，口岸内设置了134条自助通道和68个人工柜台，初期可承载高峰日通关量20万人次，未来，随着北环线支线建设完毕后，口岸的通关能力还可提升至30万人次，足以满足深港两地日益频繁的人员往来需求。
为保障新口岸首日平稳启用、防范车流混乱，10月12日6时30分起的首阶段，仅“皇岗口岸车牌”跨境车辆可通行，其他口岸备案的两地牌车暂不能使用。所谓“皇岗口岸车牌”，指批文备案通行口岸为皇岗口岸的粤港两地跨境车辆。